EXPERT ROOT

Наблюдается неправдоподобно большое расхождение пучка за счет рассеяния в первом ToF вследствие того, что фокусировка пучка происходит без моделирования квадрупольного поля.

В реальной жизни пластины стоят в фокусах ионного тракта, т.е. система квадруполей переводит частицы из фокуса в фокус независимо (в первом приближении) от угла вылета частицы из первого пластика.
У нас же отклонение, вызванное многократным рассеянием  умножается на много метров время-пролетной базы.

Решение:
Поставить первый ToF сразу перед вторым.  
В симуляции запомнать продольную компоненту скорости конкретной частицы после первого пластика (V_l) и прибавлять ко времени DeltaT= L/V_l, где L - времяпролетная база.