#include "TF1.h"

void IntegralFULL(){

	Int_t j,i,nentry,NumM;
	Double_t A[1000]; /// амплитуды с сырых данных (отрицательные)
	Double_t T[1000];
	Double_t Am[1000]; // амплитуды с перевёрнутых пиков
	Double_t Tim[1000];
	Double_t sum,zeroLEVEL1,zeroLEVEL2,tm,t1_15,m,m1_15,t2_15,m2_15,tL_15,mL_15,Integrall,LinPar,ChiSquare,t_90;
	TString var;

	//TF1 *func = new TF1("fit",p,0,20e-09,1); // функция фитирования
	TF1 *fit1 = new TF1("fit1","[0]");
	fit1->SetParName(0,"Rlevel");
	fit1->SetRange(0,2e-08);

	TF1 *fit2 = new TF1("fit2","[0]"); ////////// создание функций фитирования
	fit2->SetRange(8e-08,1e-07);
	fit2->SetParName(0,"Llevel");

	TF1 *fit3 = new TF1("fit3","[0]*x+[1]");
	fit3->SetParName(0,"LinPar");

	TFile *f = new TFile("exp2.root","READ");
	TTree *tree1 = (TTree*)f->Get("tree");
//////	
	TBranch *branch1 = tree1->GetBranch("A");
	branch1->SetAddress(A);
	
	TBranch *branch2 = tree1->GetBranch("T");
	branch2->SetAddress(T);
//////
	TFile *f1 = new TFile("exp2Integral.root","RECREATE"); // файл для записи
	TTree *theTree = new TTree("theTree","peak");
	theTree->Branch("Am",Am,"Am[1000]/D");
	theTree->Branch("Tim",Tim,"Tim[1000]/D");
	theTree->Branch("sum",&sum,"sum/D");
	theTree->Branch("zeroLEVEL1",&zeroLEVEL1,"zeroLEVEL1/D");   
	theTree->Branch("zeroLEVEL2",&zeroLEVEL2,"zeroLEVEL2/D"); 
	theTree->Branch("tm",&tm,"tm/D");   	//// tm - положение пика(максимума амплитуды) записывается время(T[i]) при котором этот максимум был
	theTree->Branch("t1_15",&t1_15,"t1_15/D"); 		/// время когда амплитуда достигла 20 процентов от максимума( смотрим слева направо)
	theTree->Branch("t2_15",&t2_15,"t2_15/D"); 
	theTree->Branch("m",&m,"m/D"); // максимальная амплитуда
	theTree->Branch("m1_15",&m1_15,"m1_15/D"); // амплитуда в первой точке превышения 20%
	theTree->Branch("m2_15",&m2_15,"m2_15/D"); // амплитуда во второй точке превышения 20%
	theTree->Branch("tL_15",&tL_15,"tL_15/D"); // время последнего превышения 20%
	theTree->Branch("mL_15",&mL_15,"mL_15/D"); //амплитуда в последнем превышении 20%
	theTree->Branch("Integrall",&Integrall,"Integrall/D"); //интеграл в диапозоне 20 нс
	theTree->Branch("LinPar",&LinPar,"LinPar/D"); //параметр фита прямой границы сигнала
	theTree->Branch("ChiSquare",&ChiSquare,"ChiSquare/D"); //хи квадрат
///////// заполнение дерева
	TCanvas *c1 = new TCanvas("c","zero line"); 
	j=0;
	for(j=0;j<tree1->GetEntries();j++)
	{
		tree1->GetEntry(j);
		sum=0; // обнуление интеграла
		m=0;  	// и максимума
		for(i=0;i<1000;i++){  			// нахожу интеграл, полный, точку максимума для фрейма номер j
			Am[i] = -A[i];
			Tim[i] = T[i];
			if((Am[i]>m) || (Am[i]==m)){m = Am[i];tm = T[i];}
			sum = sum + Am[i];
		}
		NumM = (tm - 5e-013)*(1e+10); // номер точки (0,1000) с максимальной амплитудой сигнала
		Integrall=0;
		for(i=0;i<1000;i++){  			// нахожу интеграл, c границами
			if( (Tim[i]>(tm-3e-9)) && (Tim[i]<(tm+17e-9)) ) {Integrall = Integrall + Am[i];}
		}
////////////////// делаю только для первых 12 фреймов
			{		
			TGraph *gr1 = new TGraph(1000,Tim,Am); // поиск нуля
			gr1->Draw("Al*");
			gr1->Fit("fit1","R");
			zeroLEVEL1  = fit1->GetParameter(0);			
			c1->Update();
			gr1->Fit("fit2","R");
			zeroLEVEL2  = fit2->GetParameter(0);			
			c1->Update();			
			m1_15=0;
			t1_15=0; //поиск начальной границы поднятия на 20%
			t2_15=0;m2_15 = 0; mL_15 = 0;			
			for(i=NumM;i>0;i--)
			{
				if((Am[i]-zeroLEVEL1)<0.1*(m-zeroLEVEL1)) {t1_15 = Tim[i+1];m1_15 = A[i+1];break;}						
			}
			for(i=NumM;i>0;i--)
			{
				if((Am[i]-zeroLEVEL1)<0.9*(m-zeroLEVEL1)) {t_90 = Tim[i+1];break;}						
			}			
			for(i=NumM;i<1000;i++)
			{
				if((Am[i]-zeroLEVEL1)<0.15*(m-zeroLEVEL1)) {t2_15 = Tim[i-1];m2_15 = A[i-1];break;}						
			}
			for(i=NumM;i<1000;i++)
			{
				if((Am[i]-zeroLEVEL1)>0.15*(m-zeroLEVEL1)) {tL_15 = Tim[i-1];mL_15 = A[i-1];}						
			}
			fit3->SetRange(t1_15,t_90);
			gr1->Fit("fit3","R");
			c1->Update();
			ChiSquare = fit3->GetChisquare();
			LinPar = fit3->GetParameter(0);
		}
		theTree->Fill();
	}
//////////	
	theTree->Write();
	f1->Close();
	f->Close();
}